党委办公室

党委组织部

党委统战部

党委宣传部

纪委办公室

党委巡察办公室

教师工作部

学生工作部

研究生工作部

保卫部

武装部

机关党委

工会

团委

校长办公室

人事处

人才工作领导小组办公室

发展规划与学科建设处

计财处

审计处

教务处

科学技术研究院

学工处

招生就业处

研究生院

保卫处

国际交流合作处

离退休工作处

基建后勤处

实验室与设备管理处（国有资产管理处）

玄武门校区管委会

信息化建设管理处

招投标办公室

药学院

中药学院

生命科学与技术学院

国际医药商学院

理学院

工学院

基础医学与临床药学学院

多靶标天然药物全国重点实验室

生物药物学院

孟目的学院

现代制药产业学院

外国语学院

马克思主义学院

体育部

继续教育学院

国际教育学院

图书馆

期刊编辑部

后勤服务集团

BEAT365控股

文化艺术教育中心

心理发展中心

公共实验平台

国家药物政策与医药产业经济研究中心

杭州创新药物研究院

重庆创新研究院

公共卫生与应急药学研究院

医BEAT365数据与人工智能研究院

原创药物研究院

药物代谢动力学重点实验室

药物质量与安全预警教育部重点实验室

新药筛选中心

江苏省药物分子设计与成药性优化重点实验室

江苏省肿瘤发生与干预重点实验室

南京开放实验室

国家药物政策与医药产业经济研究中心

国家执业药师发展研究中心

新药研究中心

江苏省代谢性疾病药物重点实验室

江苏省生物药物成药研究重点实验室